合成生物學(xué)助力糧食及多元食品可持續(xù)生產(chǎn)
2022 年 10 月 16 日是第 42 個(gè)世界糧食日 (World Food Day),聯(lián)合國(guó)糧食及農(nóng)業(yè)組織 (FAO) 將 2022 年的全球活動(dòng)主題確定為:「不讓任何人掉隊(duì)。更好生產(chǎn)、更好營(yíng)養(yǎng)、更好環(huán)境、更好生活?!箵?jù) FAO 今年最新報(bào)告顯示,全球仍有三分之一的人口面臨著糧食不穩(wěn)定,且有超過(guò) 30 億人口(約占全球總?cè)丝诘?40%)無(wú)力負(fù)擔(dān)健康的膳食。
在世界人口不斷增長(zhǎng)、疫情、氣候變化和戰(zhàn)爭(zhēng)等多重危機(jī)之下,世界糧食系統(tǒng)面臨著巨大壓力。蓋茨基金會(huì)稱,如若不采取行動(dòng),預(yù)計(jì)從現(xiàn)在到 2030 年,僅非洲地區(qū)就將增加 3200 萬(wàn)饑餓人口。然而,在過(guò)去幾年中,主要作物的產(chǎn)量增長(zhǎng)率已經(jīng)趨于平穩(wěn),增加可耕地的可能性有限。在這種情況下,人們迫切需要找到一種快速且可持續(xù)的方法,在有限的可耕地上生產(chǎn)更多的農(nóng)產(chǎn)品、提高農(nóng)產(chǎn)品的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,以確保未來(lái)的糧食安全。

圖源:聯(lián)合國(guó)糧食及農(nóng)業(yè)組織
隨著基因組學(xué)革命和系統(tǒng)生物學(xué)的不斷發(fā)展,合成生物學(xué)得以興起,研究人員可以使用分子生物學(xué)工具和技術(shù)來(lái)推動(dòng)細(xì)胞行為的工程化?,F(xiàn)如今,合成生物學(xué)已經(jīng)在能源、化學(xué)工業(yè)、醫(yī)藥、食品、環(huán)境以及農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域取得了進(jìn)展,也為應(yīng)對(duì)世界性危機(jī)提供了解決方案。
在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域,通過(guò)改造代謝途徑、遺傳回路或者生物體結(jié)構(gòu),研究人員可以提高農(nóng)作物的產(chǎn)量。同時(shí),可持續(xù)農(nóng)業(yè)是合成生物學(xué)應(yīng)用的另一方向,例如通過(guò)改造微生物來(lái)進(jìn)行生物施肥或者生物控制等。在傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)之外,合成生物學(xué)技術(shù)還能夠通過(guò)其他途徑生產(chǎn)營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)及食品,如利用二氧化碳在無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)中合成淀粉、利用細(xì)胞培養(yǎng)生產(chǎn)人造肉等等。
01
通過(guò)合成生物學(xué)手段提高農(nóng)作物產(chǎn)量
近年來(lái),基因組學(xué)技術(shù)不斷發(fā)展,合成生物學(xué)家可以通過(guò)基因編輯等方法提高農(nóng)作物的產(chǎn)量?;蚓庉嫾夹g(shù)的應(yīng)用對(duì)象可以是農(nóng)作物本身,常見的路徑有:通過(guò)改造加快農(nóng)作物馴化和育種的速度、使其獲得更高效的能源利用率、對(duì)不良環(huán)境有更高的抗性等。
過(guò)去,農(nóng)作物的馴化主要依靠自然變異,根據(jù)考古觀察,這一過(guò)程可能需要幾千年的時(shí)間,而使用合成生物學(xué)手段可以大大加快馴化過(guò)程。中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所李家洋團(tuán)隊(duì)利用基因編輯技術(shù)構(gòu)建了異源四倍體野生稻的快速?gòu)念^馴化策略,可以顯著提高糧食產(chǎn)量,增加作物對(duì)環(huán)境變化的適應(yīng)性,為作物育種開辟了新的方向。
通過(guò)合成生物學(xué)手段提高農(nóng)作物抗逆性,也是提高農(nóng)作物產(chǎn)量的一種方式。中科院遺傳發(fā)育所的高彩霞團(tuán)隊(duì)是基因編輯在植物與農(nóng)業(yè)應(yīng)用領(lǐng)域的先驅(qū)之一,該團(tuán)隊(duì)多次將引導(dǎo)編輯 (Prime editing)、堿基編輯 (Base editing) 等工具用于植物的基因編輯,提高農(nóng)作物的抗除草劑等性能,從而實(shí)現(xiàn)增產(chǎn)目標(biāo)。中國(guó)科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心林鴻宣團(tuán)隊(duì)與上海交通大學(xué)林尤舜團(tuán)隊(duì)將高溫抗性強(qiáng)的非洲栽培稻 TT3 基因位點(diǎn)導(dǎo)入到亞洲栽培稻中,培育成了新的抗熱品系即近等基因系 NIL-TT3CG14,該品系在田間高溫條件下,可增產(chǎn) 20%。
另外,通過(guò)干預(yù)細(xì)胞代謝通路,提高光合作用效率,直接提升農(nóng)作物產(chǎn)量。在光合作用中,大多數(shù)植物會(huì)通過(guò)卡爾文循環(huán)將吸收的二氧化碳轉(zhuǎn)化為戊糖分子核酮糖-1,5-二磷酸 (RuBP),其中最關(guān)鍵的酶是 RuBP 羧化酶 (Rubisco)。通過(guò)將其他來(lái)源的高效 Rubisco 酶工程化到農(nóng)作物中可以提高光合作用的效率。除了直接提高酶的活性外,引入碳濃縮機(jī)制 (CCMs) 以增加 Rubisco 酶周圍的二氧化碳濃度是提高碳氧化效率的另一個(gè)有效途徑。此外,合成生物學(xué)家還可以設(shè)計(jì)新的碳氧化途徑,來(lái)提高植物光合作用的效果,比如德國(guó)馬克斯-普朗克研究所 Tobias Erb 團(tuán)隊(duì)利用巴豆酰-輔酶 A (CoA)/乙基丙二酸-CoA/羥基丁酰-CoA (CETCH) 循環(huán),在體外進(jìn)行二氧化碳氧化。該團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步將 CETCH 循環(huán)封裝在細(xì)胞大小的液滴中,使用微流體作為葉綠體的模擬物來(lái)創(chuàng)造一個(gè)人工光合作用系統(tǒng)。
合成生物學(xué)在農(nóng)業(yè)中的另一個(gè)重要應(yīng)用領(lǐng)域是改善生物氮氧化途徑,提高作物對(duì)氮源的利用率。與光合作用的改進(jìn)類似,將異源氮氧化基因簇 nif 移植到植物中是最直接的選擇。
合成生物學(xué)在農(nóng)業(yè)中應(yīng)用的示例,圖源:Wang et al. Advanced Agrochem (2022)
基因編輯技術(shù)的應(yīng)用對(duì)象除了農(nóng)作物本身,還可以是與植物共生的微生物。傳統(tǒng)的研究著眼于植物生長(zhǎng)促進(jìn)根瘤菌 (PGPRs) ,但是,PGPRs 難以和植物生長(zhǎng)環(huán)境中的本地微生物群落共生。為解決這一問(wèn)題,研究人員引入能夠與植物穩(wěn)定共存的、具有促進(jìn)植物生長(zhǎng)特性的菌株,并通過(guò)改造使這些菌株發(fā)揮與 PGPRs 相同的作用。比如麻省理工學(xué)院 Christopher Voigt 團(tuán)隊(duì)使用谷物內(nèi)生菌株 Rhizobium sp. IRBG74 作為底盤細(xì)胞,通過(guò)引入類球紅細(xì)菌 (Rhodobacter sphaeroides) 和產(chǎn)酸克雷伯氏菌 (Klebsiella oxytoca) 的重組基因簇來(lái)賦予底盤細(xì)胞氮素酶活性。PGPRs、固氮菌、關(guān)節(jié)桿菌根真菌 (AMF) 和外生菌根真菌 (EMF) 等土壤微生物可以恢復(fù)退化的土地,改善土壤的水力特性,利用改造后的土壤菌群可以修復(fù)病害土壤并抵御植物病原體的攻擊。
此外,研究人員還可以利用生物體,如細(xì)菌和酵母底盤細(xì)胞進(jìn)行材料加工和合成,從而用生物農(nóng)藥取代傳統(tǒng)的化學(xué)合成農(nóng)藥,改變農(nóng)藥等農(nóng)業(yè)化學(xué)品的生產(chǎn)模式等等。
02
合成生物學(xué)在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化
農(nóng)業(yè)作為世界性的重要議題,不僅受到了學(xué)術(shù)界的關(guān)注,在產(chǎn)業(yè)界中也有許多以企業(yè)為主體、專注于利用合成生物學(xué)技術(shù)促進(jìn)農(nóng)業(yè)發(fā)展的嘗試。根據(jù)美國(guó)知名合成生物學(xué)媒體 SynBioBeta 統(tǒng)計(jì), 2021 年歐美等國(guó)農(nóng)業(yè)相關(guān)的合成生物學(xué)初創(chuàng)企業(yè)共完成了約 10 億美元的融資。以致力于用生物氮肥取代化學(xué)合成氮肥的 Pivot Bio 為例,該公司研發(fā)的微生物可從空氣中固定氮以供植物使用。目前 Pivot Bio 已經(jīng)完成了 D 輪融資,并相繼推出了針對(duì)玉米、小麥、高粱的商業(yè)產(chǎn)品。
值得一提的是,拜耳旗下的 Bayer CropScience 與合成生物學(xué)獨(dú)角獸企業(yè) Ginkgo Bioworks 兩家企業(yè)也在積極研發(fā)農(nóng)業(yè)固氮微生物產(chǎn)品,為此兩公司合資創(chuàng)立了新企業(yè) Joyn Bio。此外,Inari Agriculture 等企業(yè)也在運(yùn)用 CRISPR 等基因編輯技術(shù)提高育種速度和農(nóng)作物的產(chǎn)量。
國(guó)內(nèi)也有許多合成生物學(xué)相關(guān)企業(yè)致力于在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域進(jìn)行專業(yè)轉(zhuǎn)化,如農(nóng)業(yè)基因組與產(chǎn)業(yè)化服務(wù)企業(yè)康普森生物,該公司將數(shù)據(jù)科學(xué)、合成生物學(xué)、基因組學(xué)、食品科學(xué)等技術(shù)相結(jié)合,構(gòu)建了國(guó)內(nèi)主要農(nóng)作物與畜禽的遺傳多樣性平臺(tái)「Daxiang BreedingOS」等等。
03
利用合成生物學(xué)可持續(xù)地生產(chǎn)食品
利用合成生物學(xué)技術(shù)提高農(nóng)作物的產(chǎn)量,本質(zhì)上還是遵循「利用作物生產(chǎn)相應(yīng)農(nóng)產(chǎn)品」的方式;然而合成生物學(xué)的變革性力量不止于此,更體現(xiàn)在通過(guò)非傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)的方式來(lái)生產(chǎn)食品。近年最具代表性的研究當(dāng)屬中科院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所馬延和團(tuán)隊(duì)通過(guò)設(shè)計(jì)人工淀粉合成代謝通路,實(shí)現(xiàn)了在無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)中利用二氧化碳和氫氣合成人造淀粉。按照目前數(shù)據(jù)分析,理論上 1 立方米大小的無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)生物反應(yīng)器年產(chǎn)淀粉量相當(dāng)于我國(guó) 5 畝玉米地的年產(chǎn)淀粉量。
在糧食生產(chǎn)之外,合成生物學(xué)在食品領(lǐng)域的應(yīng)用更加多元和廣泛。根據(jù) SynBioBeta 的數(shù)據(jù),歐美等國(guó)食品行業(yè)的合成生物學(xué)企業(yè)在 2021 年完成了近 40 億美元的融資,其中較為知名的 Impossible Food 和 Beyond Meat 兩家公司致力于通過(guò)生產(chǎn)人造肉來(lái)推動(dòng)全球食品的可持續(xù)發(fā)展。Beyond Meat 在招股書中提到,生產(chǎn)人造肉與動(dòng)物來(lái)源的肉相比具有巨大的環(huán)境優(yōu)勢(shì),能減少 90% 溫室氣體排放,減少 99% 的用水,減少 93% 的土地資源使用,減少 46% 的能源消耗,并解決動(dòng)物福利問(wèn)題。
目前主要的人造肉生產(chǎn)方式有兩種:一是利用植物基原料生產(chǎn)植物肉,二是利用細(xì)胞培養(yǎng)生產(chǎn)細(xì)胞培植肉,對(duì)應(yīng)了兩種常見的合成生物學(xué)在食品領(lǐng)域的應(yīng)用模式。
第一種模式是利用植物基生產(chǎn)高營(yíng)養(yǎng)價(jià)值的食品,如蛋白產(chǎn)品、脂肪產(chǎn)品等。以色列初創(chuàng)公司 PoLoPo 是應(yīng)用這種生產(chǎn)模式的典例,該公司利用土豆來(lái)代替母雞,從而生產(chǎn)卵清蛋白;無(wú)獨(dú)有偶,另一家來(lái)自于以色列的公司 Pigmentum 則致力于利用生菜生產(chǎn)乳制品蛋白。
第二種模式則是利用細(xì)胞來(lái)生產(chǎn)食品。當(dāng)前的細(xì)胞培植肉在成本和可培養(yǎng)規(guī)模上仍面臨著許多挑戰(zhàn),因此發(fā)酵基蛋白目前也正在得到更多的關(guān)注,這種方法主要以微生物發(fā)酵來(lái)生產(chǎn)大量的蛋白質(zhì),將發(fā)酵生產(chǎn)的蛋白質(zhì)與其他成分混合,制造出替代食品。如利用絲狀菌進(jìn)行發(fā)酵的英國(guó)無(wú)肉品牌 Quorn,以及國(guó)內(nèi)的利用生物質(zhì)發(fā)酵和精密發(fā)酵開發(fā)食用蛋白以的藍(lán)佳生物等。
除了生產(chǎn)高營(yíng)養(yǎng)價(jià)值的食品外,合成生物學(xué)還可以用來(lái)減少食品生產(chǎn)中的碳排放。已如上述,與生產(chǎn)動(dòng)物來(lái)源的肉相比,生產(chǎn)人造肉能減少 90% 溫室氣體排放。另外,在傳統(tǒng)的啤酒釀造中,啤酒的風(fēng)味依賴于啤酒花的香氣,而無(wú)酒精啤酒則缺失這種風(fēng)味,并且集約化種植的啤酒花在種植過(guò)程需要消耗大量水,運(yùn)輸及加工過(guò)程還會(huì)排放大量二氧化碳。對(duì)此,丹麥的合成生物學(xué)初創(chuàng)公司 EvodiaBio 利用工程化改造的酵母生產(chǎn)啤酒花的香氣分子,制造出不含酒精但風(fēng)味不變的啤酒,大大了減少生產(chǎn)過(guò)程中的碳排放和耗水量。
04
展望
糧食危機(jī)是當(dāng)前全人類所必須面臨的重要問(wèn)題。今年九月份,我國(guó)豆粕行情暴漲給飼料養(yǎng)殖企業(yè)造成巨大壓力,也給國(guó)家?guī)?lái)了繁重的動(dòng)物產(chǎn)品穩(wěn)產(chǎn)保供任務(wù),以及越來(lái)越緊的資源環(huán)境制約。因此,9 月 19 日,農(nóng)業(yè)農(nóng)村部部署全面推進(jìn)豆粕減量替代行動(dòng),提倡「提效、開源、增草,從供需兩端同時(shí)發(fā)力,多措并舉促節(jié)糧」。當(dāng)前,而合成生物學(xué)在當(dāng)前已經(jīng)顯示出了可以緩解糧食危機(jī)的潛力。
目前,合成生物學(xué)在農(nóng)業(yè)及食品領(lǐng)域的應(yīng)用成為了大國(guó)關(guān)注的焦點(diǎn)之一。在今年 9 月 12 日由美國(guó)總統(tǒng)拜登簽署的《關(guān)于推進(jìn)生物技術(shù)和生物制造創(chuàng)新以實(shí)現(xiàn)可持續(xù)、安全和可靠的美國(guó)生物經(jīng)濟(jì)的行政命令》中,美國(guó)政府明確指出需要改善糧食安全并推動(dòng)農(nóng)業(yè)創(chuàng)新;而在我國(guó)的《“十四五”生物經(jīng)濟(jì)發(fā)展規(guī)劃》中,國(guó)家發(fā)改委也提出了「順應(yīng)“解決溫飽”轉(zhuǎn)向“營(yíng)養(yǎng)多元”的新趨勢(shì),發(fā)展面向農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化的生物農(nóng)業(yè),滿足人民群眾對(duì)食品消費(fèi)更高層次的新期待」的目標(biāo)。我們有理由相信,隨著生物經(jīng)濟(jì)的高速發(fā)展,未來(lái)合成生物學(xué)在農(nóng)業(yè)中的應(yīng)用將得到更多的政策支持。
此外,國(guó)內(nèi)外的合成生物學(xué)領(lǐng)軍企業(yè),如 Ginkgo Bioworks 和藍(lán)晶微生物等也已在農(nóng)業(yè)和食品領(lǐng)域開展了相應(yīng)的布局。希望在不久的將來(lái),我們可以看到合成生物學(xué)為世界人民的糧食危機(jī)做出突破性的貢獻(xiàn)。
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