北京大規(guī)模流行病學(xué)篩查應(yīng)該怎么做?哈佛最新研究給啟示
為了控制流行病,多次檢測、短時間出結(jié)果才是最重要的。
為了控制從新發(fā)地開始的疫情,北京正在全市范圍內(nèi)進(jìn)行大規(guī)模的流行病學(xué)監(jiān)測。
官方通報,截至6月28日12時,北京全市累計完成采樣829.9萬人,已完成檢測768.7萬人,基本完成“應(yīng)檢盡檢”人員的動態(tài)清零。
6月28日,北京新增確診病例量再次回到個位數(shù),但是“假陰性”問題,為日漸明朗的防控局勢投下一絲陰影。北京6月25日11例新增確診病例中,有5例首次核酸檢測為陰性。其中,3人核酸檢測結(jié)果為陰性,但血清抗體檢測為陽性,最終被確診。
檢測的“假陽性”、“假陰性”、什么時候出檢測報告、是否需要多次檢測,成為過去兩周里北京市民最關(guān)心的事情。
來自科羅拉多大學(xué)和哈佛大學(xué)的研究人員,同樣在關(guān)注不同的流行病監(jiān)測模式的有效性問題。但是他們發(fā)現(xiàn),病毒篩檢手段靈敏度的重要性被高估了,檢測頻率和短時間出結(jié)果更加重要。
研究人員通過大量模擬測試發(fā)現(xiàn),在全人群的水平上,每14天進(jìn)行一次冠狀病毒檢測,最終的感染總數(shù)和沒有檢測一樣,都會快速攀升。但是,出于成本和效率考慮,如果使用不那么靈敏的檢測方法,但每周進(jìn)行檢測,結(jié)合隔離措施,仍然可以控制疫情的爆發(fā)。
這項研究6月22日發(fā)表在預(yù)印本平臺medRxiv,目前尚未經(jīng)過同行評議。

病毒篩檢手段
論文一開始,研究者就開宗明義地指出:由于在感染病毒的各個階段,甚至無癥狀感染者都能夠傳播病毒,強有力的流行病監(jiān)測對于現(xiàn)階段在全球范圍內(nèi)控制病毒傳播,促進(jìn)社會的重新開放尤為重要。
其中,病毒篩檢手段往往是最為重要的工具。目前,即時定量聚合酶連鎖反應(yīng)(Real-time Quantitative Polymerase Chain Reaction,簡稱RT-qPCR)是檢測新冠病毒最準(zhǔn)確有效的黃金標(biāo)準(zhǔn)。然而,qPCR仍然昂貴。而且作為一種基于實驗室的檢測方法,樣品-報告時間通常很長,在 24-48 小時之間。
新的篩檢技術(shù)的發(fā)展有可能顯著降低成本,從而擴大檢測范圍,提高檢測頻率,并顯著減少出結(jié)果的時間。但是,這些方法在很大程度上并不符合分析靈敏度的黃金標(biāo)準(zhǔn),阻礙了它們更廣泛的應(yīng)用。
在進(jìn)一步的介紹這一研究前,首先需要清楚一個概念——分析靈敏度,也被稱為檢測限(limit of detection ,簡稱LOD),指的是可檢測的最低分析物濃度。
RT-qPCR的檢測限為103cp/ml,更便宜也更快的檢測方法,如RT-LAMP和快速抗原檢測的檢測限則較高,大約是105cp/ml。
人體感染新型冠狀病毒后,會有一段時間的潛伏期,在此期間病毒滴度通常過低而無法被檢測到,隨后病毒呈指數(shù)增長,病毒載量和傳染性達(dá)到峰值,之后病毒水平下降直到被完全清除。
根據(jù)新冠病毒載量的動力學(xué)模型,在病毒指數(shù)增長期間,103cp/ml 和 105cp/ml 之間的時間窗很短。雖然對SARS-CoV-2 的時間窗尚沒有嚴(yán)格的定義,但對于其他呼吸道病毒,例如流感病毒,以及 SARS-CoV-2 在雪貂身上的傳播模型來說,這個時間窗口大約是一天。
為了弄清使用不同的病毒檢測方法,不同的監(jiān)測策略對全人群感染水平的影響,研究者使用數(shù)學(xué)建模的方法,來分析檢測手段的靈敏度、檢測頻率和出報告的時間長短,對流行病監(jiān)測效果的影響。
流行病學(xué)啟示
論文的主要作者科羅拉多大學(xué)博爾德分校計算機科學(xué)系教授 Dan Larremore 在 Twitter 上解釋了這項研究的幾個主要的發(fā)現(xiàn):首先,檢測方法的靈敏性沒有我們想象的那么重要。qPCR相比其他檢測的靈敏度優(yōu)勢,只體現(xiàn)在12小的時間窗口里。

研究發(fā)現(xiàn):流行病檢測的有效性取決于檢測頻率/論文截圖
其次,只有高頻率的檢測,才能利用這個很短的時間窗口。因此,研究者指出,如果是出于監(jiān)測流行病的目的,那么不應(yīng)該排除靈敏度較低的檢測方法。
考慮到新冠病毒載量動力學(xué)的模式,研究者將病毒的傳染性建模為病毒載量的函數(shù),來對流行病的監(jiān)測效果進(jìn)行分析。研究者改變檢測的頻率,從每天檢測一次到每14天檢測一次。采用類似于 RT-qPCR 和 RT-LAMP/快速抗原測試,檢測限為103cp/ml和105cp/ml兩種不同的檢測手段。同時,研究使用了兩種不同的流行病學(xué)模型,以確保重要的觀察結(jié)果獨立于特定的模型。
研究發(fā)現(xiàn),檢測頻率是影響流行病是否得到控制的主要驅(qū)動因素,使用更靈敏的檢測方法只能提供很小的改善。
同時,模擬結(jié)果表明,在沒有監(jiān)測或兩周做一次檢測的情況下,病毒的傳播都得不到控制。而每周一次檢測,無論檢測限是103cp/ml還是105cp/ml,配合積極病例隔離,都能有效的控制病毒的傳播。
流行病監(jiān)測中還有一個重要影響因素,從收集檢測樣本到報告檢測結(jié)果的時間。研究者通過建模發(fā)現(xiàn),報告的延誤將大大影響病毒傳播的控制效果。這一結(jié)論再一次強調(diào),快速報告檢測結(jié)果在任何流行病監(jiān)測中都是至關(guān)重要的。
總而言之,有效的流行病監(jiān)測,主要取決于檢測的頻率和報告結(jié)果的速度,而提高檢測的敏感性僅能略微提高監(jiān)測的效率。
當(dāng)然,研究者提醒,用于臨床診斷的檢測手段不同于流行病篩查,靈敏性對于臨床診斷依然非常重要。研究者也指出了這項研究的局限性:所有的數(shù)據(jù)和模型都建立目前對新冠病毒動力學(xué)和傳染性的理解上。而“這里有很多未解的謎團,持續(xù)的研究將是很有價值的”。
最后,研究者建議,食品藥品管理局、政府和其他機構(gòu)應(yīng)該鼓勵開發(fā)和使用具有替代性的、更快、成本更低的檢測方法,即使它們的靈敏度較低。“如果現(xiàn)在的新冠檢測點,能夠更快的出結(jié)果,或者能夠提高檢測頻率,我們的研究結(jié)果表明,這將具有很高的流行病學(xué)價值。”
來源:醫(yī)學(xué)界
作者:朱雪琦
審稿:田棟梁
校對:臧恒佳
責(zé)編:鄭華菊
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