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平當樹基因組獲解析
平當樹(Paradombeya sinensis)是我國西南干熱河谷特有的國家二級重點保護野生植物，特產(chǎn)云南省和四川省怒江、金沙江等流域，具有極強的耐旱能力，在生態(tài)修復和園林觀賞方面潛力突出。
近日，中國科學院昆明植物研究所云南省極小種群野生植物綜合保護重點實驗室研究團隊綜合運用PacBio HiFi、Oxford Nanopore、Hi-C等多種測序技術(shù)，獲得了無間隙的染色體級別參考基因組，并解析了其葉綠體與線粒體基因組特征。此次組裝的基因組總長約890 Mb，注釋到68,639個基因，完整度高達99.93%。這一高質(zhì)量基因組將用于解決平當樹屬與其近緣屬的分類爭議，并為保護單元劃分、遷地保護效果評估、抗旱基因挖掘及生態(tài)修復示范項目提供重要支撐，為該物種的保護遺傳學、系統(tǒng)發(fā)育地位確立及可持續(xù)利用奠定了關鍵基礎。同時，平當樹枝條優(yōu)雅、花序潔白，具備園藝開發(fā)價值，基因組資源也將推動其優(yōu)良品種的選育與應用。
基于本研究結(jié)果，團隊在國際期刊Scientific Data在線發(fā)表了題為A haplotype-resolved gap-free chromosome assembly of the threatened plant Paradombeya sinensis的研究論文，團隊博士研究生陶麗丹為第一作者，孫衛(wèi)邦研究員為通訊作者，昆明植物園唐凌云工程師以及團隊碩士研究生陳俞熒為本文其余作者。本研究獲得云南省重點研發(fā)計劃項目“西南山地河谷生物多樣性保護及生態(tài)屏障建設研究”(202403AC100028)和國家重點研發(fā)計劃項目“植物園遷地保護與種質(zhì)資源保存關鍵技術(shù)”課題二(2024YFF1307402)的資助。
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